در طول ۴۰ سال ریاست چارلز ویلیام الیوت، وی اصلاحات بزرگی را در این دانشگاه پدید آورد که از کار‌های او می‌توان به: دوره‌های انتخابی، کلاس‌های کوچک و امتحانات ورودی اشاره کرد. این اصلاحات بر روی آموزش و پرورش آمریکا تاثیر گذاشته و هم آموزش متوسطه و هم آموزش عالی آمریکا به این شیوه تغییر یافت.

دانشگاه هاروارد همیشه بالاترین رتبه‌های دانشگاه‌ها را در سطح جهان داشته و یکی از قدرتمندترین موسسه‌های مالی غیرانتفاعی می‌باشد. این دانشگاه به اتفاق دانشگاه ییل، همیشه دو رقیب اصلی در مسابقات علمی، فوتبال و قایق‌رانی بوده‌اند.

 این دانشگاه  دارای اکثر زیر گروه های شیمی میباشد.

در سال ۱۶۳۸ آن ناحیه و دانشگاه تازه تأسیس را به نام کمبریج نام‌گذاری کردند. در همان سال جان هاروارد یکی از وزیران پیوریتان و وزیر امور داخلی آمریکا که استاد یکی از شعبه‌های دانشگاه کمبریج بود در هنگام مرگ، نیمی از سرمایه و املاک خود را که ۷۸۰ پاوند بود با چهارصد جلد کتاب به‌کالج بخشید و کالج مزبور در سال ۱۶۳۹ به‌افتخار این مرد، هاروارد نامیده شد. تاریخچهٔ هاروارد در حقیقت از سال ۱۶۴۰ آغاز می‌شود. نخستین جشن دانش‌آموختگان دانشگاه هاروارد در سال ۱۶۴۲ برگزار شد. بر سردر این دانشگاه لوحه‌ای نصب شده که متن آن چنین است:

<چون خداوند به‌سلامت ما را به‌سرزمین نیوانگلند رسانید، به یاری او خانه‌های خود را ساختیم و برای ادامهٔ زندگانی خود وسایلی برانگیختیم و مکان‌های مناسبی برای پرستش پروردگار پی‌افکندیم و به تشکیل یک دولت غیرنظامی همت گماشتیم. اما آرزوی بزرگی را که در قلب خود می‌پروراندیم و در پی تحقق آن روزشماری می‌کردیم، آموزش و پرورش بود که سعادت جاودانه در پی داشت. ما نمی‌خواستیم که دیو بی‌سوادی در کلیساها بجای ماند و کشیشان ما در تاریکی نادانی به‌سر برند>

بر اساس منشور مورخ ۱۶۵۰ دانشگاه برای پیشرفت علم، هنر و ادبیات به‌ آموزش جوانان انگلیسی و بومی اختصاص یافت. دومین ساختمان دانشگاه، «کالج بومیان»، درسال ۱۶۵۴ تأسیس شد و مؤسسهٔ انتشارات و مطبوعات دانشگاه که از سال ۱۶۳۸ تا آن زمان در کاخ رئیس‌جمهور بود، به‌آن محل انتقال یافت. به‌احتمال قوی در سال‌های ۱۶۶۱ و ۱۶۶۳، ترجمه کتاب مقدس به‌زبان بومیان آن سرزمین، توسط جان الیوت در همین کالج به‌چاپ رسید. باتوجه به‌حمایت‌های مالی که دانشگاه برای پیشرفت اهداف خود از خارج دریافت نمود، از همان آغاز تأسیس به‌اهمیت شایانی دست یافت.

منشور مصوبه دانشگاه هاروارد تا سال ۱۷۰۷، مرجع اساسی و تغییرناپذیر ادارهٔ دانشگاه به شمار می‌رفت. بر مبنای این منشور، سازمانی مرکب از یک رئیس و یک خزانه‌دار و پنج استاد به طور رسمی مقررات اداری دانشگاه را وضع نموده و به‌امور مالی و هزینه کردن وجوه دریافتی، نظارت مستقیم داشتند. این سازمان به وسیله هیئت ناظرانی که در سال ۱۶۴۲ تعیین شده بود، کنترل می‌شد. کم‌کم اوضاع و احوال ایجاب کرد که هیئت اداره‌کنندهٔ دانشگاه، از استادان مقیم آن تشکیل شود.

امروزه دانشکده‌های گوناگون، دارای هیئت‌های قانون‌گذاری هستند که مستقیماً عهده‌دار نظم و برقراری آرامش در محیط دانشکده می‌باشند. در اوان تأسیس این دانشگاه، هیئت ناظران از بین نمایندگان مشترک ایالت (دولت) و کلیسا تشکیل شده و دولت که مؤسس و مدیر کالج بود سازمان هاروارد را یک بنگاه دولتی تلقی کرده که در این راستا اختلافات تنگ‌نظرانه و متعصبانه نیز نمایان بود و سرانجام این کشمکش‌ها به سود دانشگاه هاروارد پایان یافت. در سال ۱۷۸۰ کالج هاروارد به دانشگاه هاروارد تغییر یافت.

نخستین مدیران و رهبران کالج طبعاً کلیسا بود، اما در پی تغییراتی که در ترکیب هیئت ناظران پدیدار شد، دانشگاه هاروارد از زیر کنترل روحانیت و سرانجام از قید سیاست‌مداران دولتی رهایی یافت. از سال ۱۸۶۵ هیئت مدیرهٔ دانشگاه از بین دانش‌آموختگان پیشین آن برگزیده شد و کنترل دانشگاه را به طور کامل به‌عهده گرفت.

در محوطه این دانشگاه موزه‌های متعددی، ازجمله موزه هنر فوگ وجود دارد که در آن تابلوهای نقاشی و مجسمه‌ها و آثار چاپ شده قرن هیجده و نوزده اروپا و آمریکا، به‌ تماشا گذاشته‌ شده‌ است. کتابخانه این دانشگاه نه تنها قدیمی‌ترین مجموعه فرهنگی در آمریکا بلکه با شعبات خود، بزرگ ترین کتابخانه دنیاست و در حال حاضر دارای۱۴٬۵۰۰٬۰۰۰ جلد کتاب، رساله و میکروفیلم می‌باشد. بنیاد دانشگاه هاروارد با سرمایه‌ای معادل ۲۵،۹ میلیارد دلار، ثروتمندترین دانشگاه جهان است. این دانشگاه دارای رشته‌های علوم انسانی، طبیعی، دندان پزشکی، الهیات، تعلیم و تربیت، حقوق و پزشکی می‌باشد. علاوه‌براین در مؤسسات وابسته به‌آن، دوره‌های ویژه خاورشناسی و روسیه‌شناسی، تدریس می‌شود.

در زمینه علوم و ادبیات و فلسفه چهره‌های شناخته شده‌ای از این دانشگاه دانش‌ آموخته شده‌اند که امروزه از مشاهیر جهان محسوب می‌شوند.

استادان بزرگ الهیات و ادبیات
انکریز ماتر
کاتن ماتر
ساموئل سوال

شخصیت‌های بزرگ علمی و فلسفی
ویلیام جیمس
رالف امرسن
هنری دیوید توریو

نویسندگان بزرگ
جیمس راسل لاول
روبرت فراست
والس استیونس
تی. اس. الیوت
ئی. ای. رابینسون

دانشگاه هاروارد دارای ده دانشکده با یکصد و شصت رشته تحصیلی می‌باشد.

Faculty of Arts and Sciences / FAS
Faculty of Medicine و بیمارستان عمومی ماساچوست
Harvard Business School
Graduate School of Design
Harvard Divinity School
Harvard Graduate School of Education
مدرسه جان اف کندی دانشگاه هاروارد
Harvard Law School
موسسه مطالعات پیشرفته ردکلیف